نمایندگان در برنامه پنجم توسعه رئیس‌جمهور را موظف به کاهش حجم دولت و تعداد وزارتخانه‌ها کردند اما از سوی دیگر نمایندگان چند هفته بعد از این تصمیم، یک وزارتخانه را به تشکیلات دولت اضافه کردند. اضافه شدن وزارت ورزش و جوانان به ساختار دولت که از ادغام سازمان‌های تربیت بدنی و ملی جوانان به وجود آمد، ‌در واقع تعداد وزارتخانه‌ها را از 21 به 22 رساند و بر این اساس نیز دولت باید با انحلال یا ادغام برخی وزارتخانه‌ها، ‌عدد آنها را به 18 برساند.

بر اساس برنامه پنجم توسعه دولت تنها موظف به کاهش 4 وزارتخانه است اما صحبت‌های رئیس‌جمهور بعد از استیضاح و برکناری وزیر راه و ترابری نشان داد، ‌برنامه‌ریزی خاصی برای کاهش تعداد وزارتخانه‌ها صورت گرفته و ممکن است تعداد وزارتخانه‌های انحلال یافته و یا ادغام شده به بیش از 4 وزارتخانه برسد. تعیین وزیر مسکن به عنوان سرپرست وزارت راه و ترابری نیز گمانه‌زنی‌ها درباره ادغام وزارت راه و ترابری با مسکن را افزایش داد. معاون حقوقی و پارلمانی رئیس‌جمهوری نيز روز گذشته با تایید احتمال ادغام این 2 وزارتخانه اعلام کرد دولت فراتر از تصمیم مجلس در برنامه پنجم توسعه عمل کرده و با انحلال یا ادغام 5 وزارتخانه در وزارتخانه‌های دیگر تعداد آنها را به 17 می‌رساند. حجت الاسلام میرتاج‌الدینی به ضرورت کم شدن 4 وزارتخانه بر اساس برنامه پنجم توسعه کشور اشاره کرد و به مهر گفت: بر اساس برنامه پنجم توسعه قرار است 21 وزارتخانه به 17 وزارتخانه کاهش یابد. وی همچنین اعلام کرد: دولت در تلاش برای عمل کردن به برنامه پنجم توسعه است که یکی از اینها ادغام 2 وزارتخانه زیربنایی در عرصه عمرانی راه و مسکن است. میرتاج‌الدینی خبرهای منتشر شده درباره ادغام وزارتخانه‌های راه و مسکن را تایید کرد و ادامه داد: در حال حاضر وزیر مسکن به عنوان سرپرست وزارت راه نیز مشغول است تا برنامه‌ریزی‌های متناسب را صورت دهد و هر زمانی که شرایط مقتضی شد طرح ادغام را به مجلس خواهیم داد. بر اساس برنامه چهارم توسعه نیز رئيس جمهور پيشين موظف به کاهش حجم دولت و تعداد وزارتخانه‌ها بودند اما با وجود اینکه در برنامه به این مساله تاکید شده بود، نمایندگان مجلس ششم، در آخرین سال فعالیت دولت هشتم، ‌رای به تشکیل وزارت رفاه دادند و تلاش‌ها برای موظف کردن دولت به حذف یک وزارتخانه، ‌راه به جایی نبرد. در تمام طول سال‌های برنامه چهارم توسعه تعداد وزارتخانه‌ها یکی بیشتر از مرز معین شده در این برنامه بود اما برنامه‌ریزی‌ها در دولت نهم و دهم برای ادغام برخی وزارتخانه‌ها ادامه یافت. نمایندگان مجلس نیز در این مساله دولت را تنها نگذاشتند و با وجود اینکه برخی تحرکات عجولانه در این باره در مجلس هفتم صورت گرفت اما در نهایت کار به تحقیق و مطالعات گسترده در این باره کشید. نمایندگان مجلس هفتم در نخستین برخورد با تعداد وزارتخانه‌ها، تصمیم به انحلال وزارت رفاه گرفتند و در واقع یک سال پس از تشکیل این وزارتخانه، نزدیک بود نمایندگان رای به انحلال آن بدهند اما مرکز پژوهش‌های مجلس در همان زمان اعلام کرد کار تحقیقاتی گسترده‌ای برای بررسی این مساله در دست دارد و باید با دقت و مطالعه گسترده‌تری دست به این کار زد. در مجلس هشتم نیز با حاشیه‌هایی که برای سازمان حج و زیارت اتفاق افتاد، ‌نمایندگان بارها تصمیم داشتند سازمان میراث فرهنگی و گردشگری و همچنین سازمان تربیت بدنی و دیگر سازمان‌ها نظیر سازمان ملی جوانان را به وزارتخانه تبدیل کنند اما در نهایت تلاش‌ها تنها به تشکیل وزارت ورزش و جوانان ختم شد.

همچنین در دوره‌‌های مختلف پیشنهادات کارشناسی برای ادغام برخی وزارتخانه‌ها چنان زیاد بود که احتمال تشکیل برخی وزارتخانه‌ها یا ادغام تعدادی از آنها نیز مطرح می‌شد. ادغام وزارت علوم در آموزش و پرورش و همچنین ادغام وزارت صنایع و بازرگانی یا راه و مسکن از گزینه‌های بسیار مطرح در این زمینه بود که انتظار می‌رود در دوران و موج تازه ادغام وزارتخانه‌ها نیز این پیشنهادات بیش از سایر راهکارها مورد توجه قرار گیرد.